Das Niedersächsische Ministerium für Umwelt, Energie und Klimaschutz (MU) als zuständiges Fachministerium ist die Oberste Immissionsschutzbehörde des Landes Niedersachsen. 

Im Lüneburger Stadtgebiet sind die behördlichen Aufgaben des Immissionsschutzes zwischen dem Staatlichen Gewerbeaufsichtsamt Lüneburg und dem Bereich Umwelt der Stadt aufgeteilt. 

Das Staatliche Gewerbeaufsichtsamt ist für die größeren Industrieanlagen zuständig. Der Bereich Umwelt ist zuständig für sonstige Anlagen, sowohl genehmigungsbedürftige als auch nichtgenehmigungsbedürftige. Er kann im Interesse des Immissionsschutzes bestimmte Maßnahmen anordnen und Ordnungswidrigkeiten ahnden – zum Beispiel, wenn durch den nicht bestimmungsgemäßen Betrieb eines Kaminofens übermäßige Rauchentwicklung entsteht und Anwohnende dadurch beeinträchtigt werden. 

Als Untere Immissionsschutzbehörde beurteilt die Stadt Lüneburg außerdem Bauvorhaben und Bauleitplanungen hinsichtlich zu erwartender Umwelteinwirkungen.