Der Philosoph und Musikwissenschaftler wurde 1893 in Chur (Schweiz) als Kind deutscher Eltern geboren und wuchs in Stuttgart auf. Nach seinem Studium, der Promotion und Habilitation lehrte er Musikpsychologie an Hochschulen in Berlin und später vor allem in München. Ein Schwerpunkt seiner Arbeit war die Volksliedkunde. Obwohl Volkslieder in der NS-Kulturpolitik eine große Rolle spielten und Huber auf diesem Gebiet einen völkisch ideologischen und durch NS-konformen Ansatz verfolte, bekam er aufgrund einer Körperbehinderung keine volle Universitätsprofessur. Hinzu kam, dass ihm die NS-Kulturbürokratie wegen seines katholischen Glaubens misstraute. 

Um seine berufliche Lage zu stabilisieren, wurde er 1940 Mitglied der NSDAP. Seit dem Sommer 1942 stand Kurt Huber mit den Geschwistern Scholl und deren Freunden (Weiße Rose) in Kontakt. Er verfasste das am 18. Februar 1943 im Lichthof der Universität München verteilte, sechste und letzte Flugblatt der Gruppe, das zum Widerstand gegen das NS-Regime aufrief. Dies führte am 27. Februar 1943 zu seiner Festnahme und der späteren Verurteilung durch den Volksgerichtshof. 

Kurt Huber wurde am 13. Juli 1943 im Münchener Gefängnis Stadelheim ermordet.